Nakapagtala ang Department of Transportation (DOTr) ng napakalaking lugi sa MRT-3 mula pa noong 2015.
Batay sa 2019 audit report ng Commission on Audit (COA), nabawasan ng P408-M na kita ang DOTr sa nabanggit na transit system noong nakaraang taon.
Paliwanag ng COA, kumita lamang ang MRT-3 ng P1.907-B noong 2019 na mas mababa kumpara sa P2.316-B naman na revenue collection noong 2015.
Isa sa mga nakitang dahilan ng mga state auditors sa pagkalugi ng MRT-3 ay ang libreng train rides nito sa mga estudyante sa naturang panahon.
